（国立西新潟病院）
1941年	新潟県立結核療養所として創設。
1967年	国立内野療養所（1947年創設）と、国立有明療養所（1947年創設）が合併し、結核・慢性呼吸器疾患の診療施設として発足。
（国立療養所寺泊病院）
1943年	日本医療団寺泊奬健寮創設。
1947年	国立内野療養所寺泊分院。
1951年	国立寺泊療養所として独立。
1983年	てんかん専門病院としての機能転換をはかり、国立療養所寺泊病院に改称。
（国立療養所村松病院）
1896年	村松衛戌病院として創設され、村松陸軍病院を経る。
1945年	国立村松病院となる。
1953年	結核療養所に転換し、国立療養所村松病院となる。
1995年7月1日	上記３療養所が改築・統合され、国立療養所西新潟中央病院が誕生。
2004年4月1日	国立病院・国立療養所の独立行政法人化に伴い、 独立行政法人国立病院機構　西新潟中央病院（略称　国立西新潟中央病院）と名称を変更。
2013年7月6日	新病棟竣工。

神経・筋疾患

てんかんの高度専門医療、国内唯一の視床下部過誤腫センター、機能的脳神経疾患（パーキンソン病、手足のふるえ、顔面けいれん、顔の痛み、首のまがり、重度の痙性麻痺など）、神経難病（脊髄小脳変性症、筋萎縮性側索硬化症、多発性硬化症、重症筋無力症など）及びギランバレー症候群などの神経疾患、小児神経疾患等の専門医療

呼吸器疾患

肺がん、気胸、慢性呼吸不全、気管支喘息、呼吸器感染症、COPD（慢性閉塞性肺疾患・肺気腫）、びまん性肺疾患、睡眠時無呼吸症候群、呼吸リハビリ、結核、HIV感染症などの呼吸器疾患全般にわたる専門医療

重症心身障害児(者)医療

超・準超重症児医療、重症心身障害児（者）の療育

骨・関節の疾患

骨粗鬆症、腰痛、関節痛、カリエス、脊髄損傷などの整形外科疾患全般の専門医療